Relativamente ao barco, é mais perto o porto de Padang Bai para ubud, e também é mais perto da gilli, ppor isso é um melhor opção.
Aconselho a reservar o barco lá, por ser mais barato. Podes perfeitamente no centro de ubud reservar o lugar do barco com o transfer até ao porto.
Relativamente a melhor forma de te deslocares na ilha, visto que as praias, são distantes umas das outras, tens a opção do taxi. Pagas 25 dólares por dia e estás o resto do dia descansada. Nao tens de olhar a mapas, nem preocupar te com o transito. Ou o clássico de alugar uma mota.
Sinceramente ante de lá ter estado, considerava que era melhor a mota, mas depois...... penso que não vale a chatice. Além do mais porque para conduzires na indonésia tens de tirar em Portugal a carta de condução internacional (não sei o preço). Apesar de ele alugarem a moto, existe a fama de que em bali o policias adoram mandar parar os turistas para os multar devido a carta de condução....