Olá Filipe
Indo de 4ª a sábado ficas com 2 dias inteiros para Veneza o que a meu ver é suficiente.
O ideal seria ter um dia a mais para as ilhas mas dependendo do horários dos voos pode ser que dê para aproveitar algo nos dias de ida e vinda, deixar um inteiro em Veneza e no outro comprar o passe de 24h de Vaporetto e visitar as ilhas de Murano e Burano (daqui vai-se pela ponte a Mazzorbo) pois vale bem a pena... não fui a Torcello e ainda parei no Lido mas já estava a anoitecer.
Quanto a voos, se quiseres o mais directo é Lisboa-Veneza pela TAP mas deve ser para cima dos 150€ ida e volta ou Porto-Veneza com a Ryanair se apanhares uma promoção.
Há uns anos fiz Lisboa-Milão com a Easyjet e depois Milão-Veneza Santa Lucia de comboio com bilhetes comprados antecipadamente no site da Trenitália para sair mais barato... nesta altura fiquei 4N num apartamento perto da Ponte do Rialto.
Este ano voltei a fazer Lisboa-Milão com a Easyjet mas aluguei carro pois éramos várias e saiu mais barato pois queríamos fazer Verona-Pádua-Veneza (para ver a abertura do Carnaval)... desta vez fiquei num Camping com Bungalows na parte continental com acesso rápido à ilha pois o alojamento em Veneza Santa Lucia é muito caro.
Vê também voos para Bolonha pois o comboio é mais rápido que Milão e há voos baratos para lá.
Lê os reports/tópicos cá no site pois existem vários a falar de alojamento em Veneza Mestre que sairá certamente mais barato.